Dobla una cadena de residuos sobre una cuadrícula para que las unidades hidrofóbicas se agrupen en un núcleo enterrado y reduzcan la energía hasta su mínimo demostrado.
Una proteína se modela como una cadena de residuos hidrofóbicos (H) y polares (P) sobre una retícula 2D. Los vecinos hidrofóbicos que quedan adyacentes sin estar enlazados reducen la energía. Tu objetivo es plegar la cadena para que los residuos H formen un núcleo compacto y alcances la energía óptima.
Helixfold se basa en el modelo clásico hidrofóbico-polar de retícula para el plegamiento de proteínas, convirtiendo la búsqueda de una conformación en un rompecabezas.
Una cadena de residuos hidrófobos y polares sobre una retícula, en la que los contactos H-H no enlazados reducen la energía, es el modelo HP del plegamiento de proteínas.
Puntuar directamente la energía, y no la semejanza con una forma conocida, es el enfoque original.
La energía es el objetivo correcto porque es lo que minimiza la naturaleza. El efecto hidrofóbico empuja los residuos apolares hacia dentro, y un modelo que apenas contiene nada más sigue reproduciendo el núcleo compacto que tienen las proteínas reales, y por eso el modelo HP sobrevive como herramienta docente y de investigación.
Helixfold se basa en el modelo clásico hidrofóbico-polar de retícula para el plegamiento de proteínas, y convierte la búsqueda de una conformación de energía mínima en un rompecabezas táctil. Es un juego original y gratuito para navegador con tres longitudes de cadena, reto diario y modo de práctica.